Πιο συγκεκριμένα, ο ΣΕΒΓΑΠ δηλώνει κατηγορηματικά κατά του εμβολιασμού για τους εξής λόγους:
- Τα εμβόλια δεν εξαλείψουν τελείως τον κίνδυνο. Τον μειώνουν μόνο σε κάποιο βαθμό (60%-85%) αναλόγως με το στέλεχος του εμβολίου, την κατάσταση του ζώου, την κάλυψη του κοπαδιού και την σωστή εφαρμογή του εμβολιασμού.
- Ο εμβολιασμός δεν έχει εφαρμοσθεί σε καμία χώρα της ΕΕ για την εξάλειψη της ευλογιάς.
- Τα εμβόλια δεν θεραπεύουν τα μολυσμένα ζώα. Αντιθέτως με τον εμβολιασμό υπάρχει ο κίνδυνος των λεγόμενων «συγκαλυμμένων μολύνσεων». Αυτό οφείλεται στο ότι μπορεί να καλύψει την εμφάνιση κλινικών συμπτωμάτων χωρίς να εξαλείφει εντελώς τον ιό. Δηλαδή μολυσμένα αλλά εμβολιασμένα ζώα που θα εκλαμβάνονται ως υγιή μπορεί να συνεχίσουν να μεταδίδουν την νόσο καθυστερώντας έτσι την εκρίζωσή της. Απτό παράδειγμα η Τουρκία η οποία έχει εφαρμόσει εμβολιασμό για 10 χρόνια χωρίς αποτέλεσμα.
- Στα εμβολιασμένα ζώα ενός κοπαδιού, αν έστω και ένα από αυτά νοσεί, το πρωτόκολλο της Βιοασφάλειας υποχρεώνει την θανάτωση όλων των ζωών του κοπαδιού.
- Πολλές τρίτες χώρες όπως η Αμερική η Αυστραλία η Κίνα, η Μεγάλη Βρετανία, η Ιαπωνία, η Ρωσία κ.α., απαγορεύουν την εισαγωγή γαλακτοκομικών προϊόντων από χώρες που έχουν εμβολιάσει τα κοπάδια τους για της ευλογιά παρόλο που δεν υφίσταται θέμα μετάδοσης της νόσου στους καταναλωτές τους. Ο εμβολιασμός επομένως θα είχε αυτομάτως τεραστία εμπορική και οικονομική συνέπεια στις εξαγωγές της Φέτας η οποία πολύ δύσκολα (αν όχι αδύνατο) θα μπορέσει να αποκατασταθεί ακόμη και μετά από πολλά χρόνια.
Αντιθέτως, για την αντιμετώπιση της ευλογιάς ο ΣΕΒΓΑΠ αντιπροτείνει την τήρηση αυστηρών μέτρων βιοασφάλειας, με αποτρεπτικές κυρώσεις σε οποιαδήποτε απόκλιση.